南昌市博物馆是副县级全额事业单位，现有5个部门，分别为陈列保管科、考古发掘科、绳金塔文管所、办公室、保卫科，均为副科级。
　　部门及职责：
　　1．陈列保管科：主要负责馆内除抢救性考古发掘工作外的所有业务工作，包括文物的收藏保护、举办陈列展览、外宣推介、开展学术研究等。
　　2．考古发掘科：主要负责南昌市范围内文物的调查保护，抢救性考古发掘等工作。
　　3．绳金塔文管所：负责省级文物保护单位-绳金塔的管理、保护、维修；举办陈列展览；收集绳金塔有关文物和资料进行学术研究等。
　　4．办公室：负责馆内各项行政事务及后勤保障工作，负责与上级部门的信息交流沟通及对外联络事务等。
　　5．保卫科：负责全馆的安全保卫及综合治理工作。